
Կատարողական և մանկավարժական գործունեության հետ մեկ տեղ Անահիտ Ցիցիկյանը դեռ երիտասարդ տարիներից ակտիվորեն զբաղվեում էր գիտական հետազոտություններով: Արխիվային նյութերի հետ իր բազմամյան աշխատանքի արդյյունքում նա կարողացավ բացահայտել հայկական մշակույթի պատմության մի անհայտ էջ` մոռացությունից վերականգնելով անցյալի հայտնի հայազգի երաժիշտների բազում անուններ, նա վեր հանեց հայկական կատարողական արվեստի հարուստ պատմությունը: Իր գրչին է պատկանում այդ ասպարեզում առաջին կապիտալ աշխատությունը: Մեծ արժեք են ներկայացնում նաև իր հետազոտությունները գործիքագիտության ասպարեզում: Նրանք թույլ են տալիս նորովի մոտենալ լարային գործիքների ձևավորմանն ու զարգացմանը: Հնագիտական բացառիկ գտածոների ուսումնասիրությունը վկայում է Հայաստանի տարածքում տարբեր լարային գործիքների, ջութակի նախնիների բավական վաղ տարածման մասին:
Այսպես անցյալ դառի 60-ականներին Հայաստանի հնագույն մայրաքաղաք Դվինի պեղումների ընթացքում հայտնաբերվեց մի անոթ, որի վրա պատկերված էր ջութակ նվագող երաժիշտը: Սա ակնհայտորեն վկայում է դեռ X դարում Հայաստանում ալդ գործիքի տարածման մասին, ինչը իսկական սենսացիա առաջացրեց գործիքագիտության ասպարեզում, հիմնովին տակնուվրա անելով գոյություն ունեցող պատկերացումները ջութակի ընտանիքին պատկանող գործիքների առաջացման մասին: Ահա, թե ինչպես է արտահայտվել այդ մասին Լենինգրադի Թատրոնի և երաժշտության Ինստիտուտի գործիքագիտության խումբը. «Անահիտ Ցիցիկյանի աշխատանքը իսկական հայտնագործություն է, իսկ այդչափ հին գործիքների պատկերների հայտնաբերումն ու նկարագրումը` բացառիկ երևույթ: Այն զգալի փոփոխություններ է մտցնում ինչպես Արևելքի այնպես էլ ողջ Եվրասիական տարածաշրջանի լարային գործիքների զարգացման պատմության մեջ»:
1969 թ. Անահիտ Ցիցիկյանը հաջողությամբ պաշտպանեց ատենախոսություն, արժանանալով Արվեստագիտության Թեկնածուի աստիճանի: Հետագայում մինչև իր կյանքի վերջը նա շարունակեց իր հետազոտությունները հնագույն երաժշտագիտության ասպարեզում, գրեց հոդվածներ, գրքեր, զեկուցումներով հանդես եկավ միջազգային գիտաժողովներում: Ըստ էության Ցիցիկյանը հանդիսացավ Հայաստանում մի նոր ուղղության` երաժշտական հնագիտության հիմնադիրը: